Muzeul de la Hârşova a fost organizat de învăţătorul Vasile Cotovu, fiul lui Ioan Cotovu, întemeietorul şcolii de stat din oraş, în primii ani ai secolului al XX-lea, în clădirea vechii şcoli. A reprezentat strădania dascălului, a copiilor şi locuitorilor oraşului, care au adunat de-a lungul timpului fragmente de inscripţii, vase întregi şi fragmentare, monede, tablouri, roci, costume populare, toate reunite în cadrul muzeului.
La 1 mai 1904, aflată într-un voiaj pe Dunăre, Familia Regală a vizitat şcoala şi cu acest prilej a avut loc şi inaugurarea muzeului. Semnăturile Regelui Carol I şi ale Reginei Elisabeta stau marturie în Cartea de Aur.
La 1 august 1911 ziarul Dobrogea nouă nota că acesta se dezvoltă şi tinde să devină treptat un bogat muzău al întregei Dobroge. Repede atrage atenţia specialiştilor. Aici găseşte Vasile Pârvan fragmentul din piatra de fundare a castrului împreună cu alte inscripţii pe care le publică, iar geologul I. Simionescu, preşedinte al Academiei Române semnalează, tot în muzeu, o valoroasă colecţie de roci. În anii primului război mondial muzeul este distrus în cea mai mare parte.
În ianuarie 1921 „Muzeul Regional Hârşova”, cum a fost cunoscut în documentele vremii, este redeschis în locuinţa proprie a fondatorului dar adevărata inaugurare se va face, după cum reiese din placa de marmură pusă cu această ocazie, la 29 mai 1926 în prezenţa Regelui Ferdinand şi a Reginei Maria.
Pragul său a fost trecut de personalităţi ale vieţii culturale şi politice româneşti interbelice. Continuă să fiinţeze şi după pensionarea lui V. Cotovu în anul 1928. La moartea sa, în primii ani ai regimului comunist, soţia acestuia donează Muzeului din Constanţa restul exponatelor care au mai rămas.
După anul 1975 a început acţiunea de redeschidere a muzeului. La Casa pionierilor s-a organizat, în acest timp, o vitrină arheologică şi s-a creat un mare fond de material recuperat în cadrul activităţilor cu elevii din oraş şi împrejurimi.
Din anul 1987, ca urmare a creşterii fondului de materiale adunate și pentru că în oraş, s-au desfăşurat ample cercetări arheologice pe locul unde urma să se construiască Intreprinderea de Sârme şi Cabluri, cu rezultate spectaculoase, s-a organizat „Expoziţia arheologică a oraşului”.
În anul 1993 regretatul Adrian Rădulescu demarează iniţiativa redeschiderii unui muzeu modern la Hârşova.
În aprilie 2000, Consiliul local pune la dispoziţia MINA Constanţa imobilul actual. După ample lucrări de reparaţii, clădirea a fost gata în anul 2005. Aici s-a amenajat expoziția care ilustreaza istoria localității în ultimile șapte milenii (din neolitic pana la începutul epocii moderne).
La 23 aprilie 2006 Regele Mihai și Regina Ana au inaugurat Muzeul „Carsium” Hârșova.
